「終末の谷」の戦いから二年後、自来也との修行を経て木の葉隠れの里に帰郷したナルトの下に、砂隠れの里から風影となった我愛羅が暁にさらわれたと知らされる。
ナルトは我愛羅を救出するため、木の葉の仲間達や砂隠れの里の相談役・チヨと共に暁を追跡する。
暁メンバーのデイダラやサソリとの戦いで苦戦を強いられながらも、万華鏡写輪眼を開眼させたカカシの能力「神威」(狙いを定めた場所を異空間へ送る)により、我愛羅を取り戻すことに成功する。
だが既に我愛羅は一尾を抜かれ死亡していた。同じ人柱力である我愛羅の苦しみを理解していたナルトは、あまりに不憫な我愛羅の死に怒りを爆発させる。
そんなナルトの言動を見てきたチヨは、我愛羅に転生忍術(己の命と引き換えに死者を生き返らせる術)を施し、我愛羅を生き返らせた。チヨはナルトと我愛羅に里の未来を託して命を落とした。
木の葉の里に帰郷したサクラは早速、サソリから聞き出した情報を綱手に報告する。その情報とは、後日「天地橋」と呼ばれる場所で、大蛇丸の下にいるサソリのスパイと接触するというものだった。
早速、準備に取り掛かるナルト達だが、カカシは療養中のため急遽、カカシの代理として暗部・ヤマト、サスケの補充として暗部養成部門「根」に所属するサイを迎え、新生カカシ班を結成する。
ナルト達はサソリのスパイに接触するも、そこに現れたのはサソリのスパイになる前から大蛇丸の部下であった薬師カブトだった。そこへ大蛇丸も現れ、ナルト達と戦闘になる。
大蛇丸の挑発に乗り九尾化(我を忘れ、九尾の力が漏れ出す。尻尾が徐々に増え、9本になると九尾の封印が解ける)してしまうナルトだが、ヤマトの‟木遁の術”により九尾の力を押さえ込むこむことに成功する。
その後、大蛇丸のアジトを突き止め潜入するナルト達は、そこでサスケと再会する。だがサスケを連れ戻すことは叶わなかった。